Genómica y Bioinformática de Patógenos

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Resumen

Resumen de tema de trabajo

Obtenemos, analizamos e integramos datos x-ómicos de patógenos de interés en salud humana y animal mediante herramientas bioinformáticas y de biología molecular.

Una de las principales líneas de trabajo se enfoca en los helmintos parásitos (nematodos, cestodos, trematodos). Estos organismos provocan enfermedades graves y difíciles de tratar en humanos, animales y plantas. Un alto porcentaje de la población de la Tierra, principalmente en los países en desarrollo, sufre de infecciones por helmintos. En América Latina, las estimaciones de prevalencia son ~ 30%. El campo de la helmintología se vio profundamente beneficiado por las tecnologías de secuenciación de alto rendimiento que permitieron la confirmación de todo el genoma y la expansión del conocimiento previo sobre genes y vías particulares importantes para la supervivencia de los parásitos, como los reportados para cestodos, proyectos en los que hemos participado (PMID: 23485966) o nos encontramos ejecutando (PMID: 28241794, PMID: 31440275). Con la generación de secuencias completas del genoma descubrimos que una alta proporción del genoma de parásitos están compuestos de genes sin homología en especies modelo (PMID: 29249363), lo que representa un gran interrogante en términos de su relevancia para el desarrollo y supervivencia de estos parásitos. El siguiente paso en esta caracterización a nivel genómico implica el estudio de la interacción de productos génicos de parásitos mediante estrategias de genómica funcional. En el caso de los parásitos, la genómica funcional tiene dos facetas, ya que sus productos génicos pueden interactuar tanto con las moléculas del parásito como con las moléculas del hospedador, en ese sentido hemos estudiado varias proteínas y ARNs pequeños no codificantes específicos del parásito que interactuarían con el hospedador.

Además trabajamos transversalmente y demanera interdisciplinaria con los grupos de investigación del iB3 y diversos institutos dentro y fuera del país.

Líneas de investigación

Utilizamos herramientas bioinformáticas y bases de datos especializadas para el estudio de enfermedades poco frecuentes en humanos, utilizando como  modelos a la rata (en colaboración con https://ib3.fbmc.fcen.uba.ar/project/genomica-y-diseno-de-sistemas-biologicos-ld/) y el protista ameboide Dictyostelium discoideum (en colaboración con https://ib3.fbmc.fcen.uba.ar/project/desarrollo-y-morfogenesis-en-dictyostelium-discoideum/). En estos proyectos la información proveniente de genomas completos es utlizada para determinar el grado de conservación de los genes involucrados en las distintas EPOF con los modelos de laboratorio mencionados así como  para la indetificación de secuencias determinantes de la regulación génica . La integración de los análisis de secuencias de ADN y expresión con la información médica existente nos permite indetificar con mayor precisión los determinantes genéticos de estas enfermedades. Además para la generación de nuevos datos x-ómicos  nos encontramos incorporando recursos de secuenciación de tercera generación (Oxford Nanopore).

Integrantes:

Natalia Macchiaroli

macchiaroli.natalia@gmail.com
Investigadora Asistente CONICET

Lucas Federico Arce

lucasfarce.lfa@gmail.com 
Becario doctoral ANPCyT

Lucas Maldonado

lucas.l.maldonado@gmail.com
Becario posdoctoral CONICET

Juan Pablo Arrabal

jparrabal.vet@gmail.com
Becario doctoral  UNL-INMet

Marina Luz Ingravidi

maru.luz98@hotmail.com
Becaria Doctoral CONICET

 

Felipe Agosti

felipe9agosti@gmail.com
Estudiante de Licenciatura en Bioinformática

 

Notas de divulgación

Publicaciones Seleccionadas

  • https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Kamenetzky+l

Colaboradores

NACIONALES

Centro de Investigación en Señales, Sistemas e Inteligencia sinc(i), UNL

>Dr. Diego Milone
>Dra. Georgina Stegmayer

ANLIS-Dr. Carlos G. Malbrán

>Dra. Silvana Carnevale

Instituto de Investigaciones Bioquímicas de La Plata (INIBIOLP), UNLP

>Dra. Gisela Franchini

FVET, UNL

>Dr. Pablo Beldoménico

INBIRS-FMED-UBA

>Dra. Gabriela Turk

>Dr.Daniel Salomón

>Dr. Jorge Geffner

Nanobiotec-FFyB-UBA

> Dr. Alejandro Nusblat

IMPAM-FMED-UBA

>Dra. Marcela Cucher

>Dra. Mara Rosenzvit

>Dra. Maria Luján Cuestas

INTERNACIONALES

Wellcome Sanger Institute, UK

>Dr. Mark Blaxter

ITV, Vale, Brasil

>Dr. Guilherme Oliveira

Tartu University, Estonia

>Dr. Urmas Saarma

Universidad de la República, Uruguay

>Dr. Pablo Smircich

 

Instituciones/Agencias Financiadoras:
UBA, CONICET, ANPCyT, Ministerio de Educación, Perez-Guerrero, Royal Society.